Sovietų Sąjunga, dėl Stalino-Hitlerio sandėrių tapusi nacistinės Vokietijos bendrininke dalinantis Europą, 1941 m. atsidūrė greta demokratinių valstybių, kovojusių su nacizmu jau nuo 1939 metų. Pagal tarptautinę teisę okupuotų šalių gyventojai negalėjo būti mobilizuojami į karines pajėgas ne savo noru, bet nei Vokietija, Sovietų Sąjunga to nepaisė. 1944 m. rugpjūčio 1 d. okupacinei administracijai paskelbus vyrų mobilizaciją, Sovietų Sąjunga dar kartą sulaužė Hagos konvencijos, tarptautinės teisės nuostatas. Taip pat nepraleido progos visus nepriklausomos Lietuvos šalininkus, besipriešinusius okupuotos Lietuvos gyventojų mobilizavimui į Vokietijos karines pajėgas, išvadinti vokiečių agentais (rėmėjais, statytiniais ir t. t.) ir vokiečių bei lietuvių buržuaziniais nacionalistais. Lietuvių nekomunistinis antinacinis pasipriešinimas buvo prilygintas antisovietinei veiklai.
Pakartotinei okupacijai buvo kur kas aktyviau rengiamasi propagandiniu ir diplomatiniu atžvilgiu. Nors JAV ir Didžioji Britanija buvo įsipareigojusios nepritarti jokiam teritoriniam pasikeitimui, jeigu tauta neturėjo galimybės laisvai pareikšti savo valios, Atlanto chartiją pasirašiusi Sovietų Sąjunga sugebėjo (1943 m. Teherano konferencijoje) išsiderėti tylų, priverstinį sąjungininkų abejingumą pakartotinei okupacijai. 1941 m. rugpjūčio 14 d. V. Čerčilio (Churchill) ir F. Ruzvelto (Roosevelt) pasirašyta Atlanto chartija okupuotos Lietuvos gyventojams buvo gerai žinoma iš antinacinių rezistencinių organizacijų spaudos. Tikėtasi, kad jos principai pasibaigus karui bus taikomi ir Lietuvoje. Tačiau Sovietų Sąjunga neketino laikytis Atlanto chartijos pagrindinio principo: „Atstatyti suverenias teises ir savarankiškumą tų tautų, kurios jų neteko per prievartą“. Prisidėdama prie chartijos, SSRS patikslino, kad minėtų principų praktinis taikymas turi būti suderintas su vienos ar kitos šalies reikmėmis ir istoriniais ypatumais. Tais „istoriniais ypatumais“ norėta nuslėpti buvusios Rusijos imperijos ribų atstatymą ir išplėtimą. Vakarų šalys neatsisakė principinių okupacijos ir aneksijos nepripažinimo nuostatų (štai JAV nuo 1932 m. nuosekliai laikėsi savo doktrinos, t. y. prievartinio kitos valstybės teritorijos užėmimo ir aneksavimo nepripažinimo politikos), tačiau dėl Baltijos šalių išlaisvinimo iš sovietinio jungo tuo metu nesiruošė kariauti. Šį kartą okupacijai sąlygos buvo kur kas geresnės, nes Lietuva tebuvo nacistinės Vokietijos laikinai valdomas karo veiksmų teatras. Žengti per 1939-1940 m. aneksuotas teritorijas SSRS tarptautinėje arenoje turėjo idealias sąlygas, nes turėjo patvirtintą tarptautinį mandatą bei milžinišką materialinę paramą karui su nacistine Vokietija.
Antrąjį kartą įžengti į Lietuvą imta ruoštis 1944 m., tik šį kartą, skirtingai negu 1940 metais, nereikėjo perimdinėti ir transformuoti, keisti ir naikinti pagal savo ideologiją ar sovietinės valdžios principus jokių valstybinių struktūrų. Nacistinė okupacinė administracija 1940-1941 m. įvykdytą lietuvių, žydų ar lenkų nekilnojamojo turto, įmonių ar dvarų nacionalizavimą pripažino kaip atitinkančią nacionalsocializmo principus bei rasistinę teoriją. Suvalstybintas ar iš žydų atimtas turtas buvo pirmiausia naudojamas nacistinio Reicho interesams tenkinti. Sovietinei valdžiai dar kartą nereikėjo nacionalizuoti jau kartą atimto turto, galėjo tęsti privačios nuosavybės bei privataus verslo suvalstybinimo procesą, juo labiau, kad 1941-1944 m. buvo nacių okupacinės valdžios ir jos rėmėjų iš esmės sunaikinta smulkaus verslo lydere buvusi žydų bendruomenė.
Karo veiksmams persikėlus į Lietuvą, pasirodė pirmieji nurodymai kaip ir ką pirmiausia suimti ar naikinti. Jeigu 1940-1941 m. nacistinės Vokietijos bendrininkė Sovietų Sąjunga savo politiką okupuotoje Lietuvoje įgyvendino daugiausia remdamasi savo interesais ir komunistinės ideologijos principais, tai dabar prieš Lietuvos nepriklausomybės šalininkus (tiek ir aktyvius (rezistentus), tiek ir pasyvius (visuomeninių organizacijų narius)) nukreiptą retoriką papildė karo meto propagandiniais štampais. Kiekviena nepriklausomoje Lietuvoje veikusi politinė ar visuomeninė organizacija čia jau įvertinta ne tik kaip kontrrevoliucinė, bet ir dažnai nevengiama apibūdinti kaip „fašistinė“, „vokiškųjų okupantų pakalikų“, „vokiškai-lietuviškų buržuazinių nacionalistų“ ir pan. epitetais. Dabar terorui vykdyti buvo ir kur kas geresnė priedanga: karo meto sąlygos. Jos nereikalavo kaip nors specialiai adaptuoti ar slėpti represines ar teroro priemones. Priešingai, bauginantis spaudimas lietuviškai visuomenei turėjo akivaizdžiai matytis. Lietuvių antisovietinio pasipriešinimo dalyviai buvo perpratę tikruosius okupantų tikslus. Pogrindiniame laikraštyje „Laisvės keliais“ (pasirašytas Vieningos Lietuvos sąjūdžio) jau 1945 m. vasario 12 d. buvo rašoma: ,, (...] puikiai atsimename 1940—1941 m. kontrrevoliucionieriaus ir liaudies priešo sąvokas. Viena iš šių sąvokų apkaltintas žmogus buvo pasmerktas kalėjimui, Sibirui arba mirčiai. Šios sąvokos pasidarė mums per daug gerai pažįstamos, todėl bolševikai [...] visus lietuvius, trokštančius atstatyti laisvą ir nepriklausomą Lietuvą, apšaukė lietuviškai vokiškais nacionalistais, fašistų pakalikais ir hitlerininkų bernais. [...] Mes niekada nesilankstėme prieš rudąjį fašizmą. Mes vedėme griežtą gyvųjų tautos jėgų išsaugojimo kovą“.
1944 m. rudenį daugelyje kaimų nauja okupacinė valdžia buvo įtvirtinama ir palaikoma tik ginkluota jėga. Vos per paskutinius kelis 1944 metų mėnesius apie 100 tūkst. Lietuvos gyventojų teko patirti vienokią ar kitokią okupantų prievartą – sulaikymus, suėmimus, prievartines mobilizacijas, o buvo nužudyti net 2489 žmonės. Tik apie dešimtadalis šių žmonių žuvo ginkluoto pasipriešinimo dalyvių gretose, visi kiti buvo nužudyti, nukankinti, sudeginti. Vien gruodžio 17—21 d. Čekiškės valsčiaus Butkiškių, Vosbutų, Baukių, Juodaičių kaimuose (Kauno apskr.) ir gruodžio 24—25 d. Merkinės valsčiaus Klepočių, Lizdų, Ryliškių kaimuose (Alytaus apskr.) buvo sudegintos 94 sodybos ir nužudytas 121 žmogus, ir tai įrodo, kokio masto bei pobūdžio buvo tapęs okupantų teroras.
1945 m. vasario mėn. Jaltos konferencijoje priimtoje deklaracijoje patvirtinta, kad susigrąžinti suverenitetą galės tik tos šalys, iš kurių „agresyvios nacijos prievarta atėmė suverenitetą“. Sovietų Sąjungai, kaip nugalėtojų bloko narei, šis principas nebuvo taikomas. Nė viena didžioji Vakarų valstybė neįgijo kokių nors naujų teritorijų, o SSRS priverstinėmis sutartimis įtvirtino 1940 m. okupuotų teritorijų kontrolę (su Suomija ir Rumunija), nustatė naujas sienas (su Lenkija) arba dėl „istorinių ypatumų“ apsiribojo reokupacija (Baltijos valstybėse) be jokių tarptautinių sutarčių.
Lietuvoje sovietiniai okupantai toliau galėjo elgtis pagal savo nuostatas ir ideologinius visuomenės „rūšiavimo“ bei naikinimo planus. Pačioje Lietuvoje iki karo su Vokietija pabaigos, nuo 1944 m. rudens iki 1945 metų gegužės NKVD nužudė 7700 žmonių (96% lietuviai ir likusieji – lenkai), suėmė dar daugiau kaip 60 tūkst. žmonių, tarp kurių ketvirtadalis buvo lenkai, o likusieji lietuviai. Tai buvo naujo karo, karo su okupuotomis tautomis preliudija. Ir nors pergalę prieš Vokietiją Rusijos Federacija mėgina savintis, tačiau iš 70 tūkst. lietuvių, kurie buvo mobilizuoti prievarta ar saugodami savo šeimas atėjo patys į Raudonąją armiją ir buvo išsiųsti į fronto dalinius, į tėvynę taip ir nesugrįžo apie 25 tūkst. lietuvių. Mes šias aukas taip pat prisimename. Prisimename ir ketvirtį milijono Lietuvos piliečių, daugiausia žydų, taip pat lietuvių, lenkų, rusų, kurie žuvo dėl karo metu įgyvendintos nacistinės tautų naikinimo politikos. Todėl tai ir buvo tautų karas prieš nacizmą. Deja, pergale pasinaudojo stalinizmas bei komunizmas savo totalitarinei kontrolei plėsti. Lietuvių tauta iš to pasaulinio karo pateko į naują karą, kuris mums kainavo net šeštadalį tautos, patyrėme kitus milžiniškus materialinius, dvasinius ir kitus nuostolius. Nugalėtojais iš šio karo jo išėjome tik po 50 metų...
Nuotraukoje Gulago tvora (iš Arvydo Anušausko knygos „Teroras 1940–1958 m.“)